La estructura del Programa de posgrado se encuentra dividida en 3 grandes áreas:

Cursos Obligatorios: Relacionados con la formación profesional, los cuales son asignaturas formativas de carácter multidisciplinario. Cursos Optativos. Conjunto de materias que servirán como herramientas conceptuales complementarias para el desarrollo de la tesis dentro de las líneas de investigación aprobadas por el Comité Académico del programa. Dentro del programa el alumno debe acreditar cuatro cursos optativos en el transcurso de los dos primeros semestres.

1. Elementos básicos de ciencia aplicados a restauración
2. Aspectos sociales, económicos y legales de los recursos naturales
3. Bioestadística y diseño experimental

1. Principios de restauración ecológica de ecosistemas costeros
2. Ecología de comunidades acuáticas
3. Tópicos selectos I, restauración ecológica en México, estudio de casos
4. Tópicos selectos II, problemas especiales de restauración ecológica
5. Tópicos selectos de química ambiental para zonas costeras
6. Métodos de análisis espacial en ecología de zonas costeras
7. Ecología numérica
8. Impacto ambiental y monitoreo en sistemas costeros
9. Sociedad y medio ambiente
10. Economía de los recursos naturales
11. Legislación ambiental

Consiste en la proposición y el desarrollo del proyecto de investigación del estudiante, que dará lugar a su tesis de grado. Para la realización de su trabajo de investigación, el alumno contará con la asesoría de un Comité Tutorial, el cual lo auxiliará en los aspectos de proposición y discusión de los enfoques y resultados experimentales. El trabajo de investigación se iniciará desde el primer semestre y la tesis correspondiente será desarrollada por el alumno dentro de esta actividad. Es atribución del Comité Tutorial y del Comité Académico del programa velar por el cumplimiento de los requisitos mínimos establecidos para la tesis del grado que corresponda.

Para la Maestría el Seminario de Investigación I tendrá un valor de 6 créditos, el Seminario de Investigación II de 8 y de 20 créditos para los seminarios de Investigación III y IV, con ellos se deberán cubrir un total de 54 créditos. Los objetivos mínimos a alcanzar durante cada uno de ellos son: para el primer semestre, revisión bibliográfica del tema de investigación y preparación del proyecto de investigación; para el segundo y tercer semestre se presentarán los avances de investigación de acuerdo al cronograma del proyecto. Durante el Seminario de Investigación IV el estudiante dedicará tiempo completo a la redacción de la tesis. El desempeño del alumno en los Seminarios de Investigación será evaluado un 50% por el desempeño en el taller semanal con duración de dos horas y otro 50% por el Comité Tutorial durante el examen tutorial semestral.